2006“绿色中国年度人物”的评选活动于2006年8月上旬确定评选方案，8月中旬至9月初进行前期准备，9月初正式进入评选流程，12月中旬结束。评选流程如下：
　　一、评选启动阶段
　　（一）时间：9月5日
　　（二）内容：发布评选活动新闻
　　（三）平面媒体宣传：40家媒体
　　二、候选人提名推荐阶段
　　（一）时间：9月5日——10月20日
　　（二）主题：寻找我心中的“绿色中国年度骄傲”
　　（三）目的：突出公众参与性
　　（四）实现方式：
　　1、公众可通过信函、传真、电子邮件等方式将推荐候选人情况提供给组委会。重要途径为利用评选官方网站、新浪网、人民网、环保总局网站、TT65网进行提名。
　　2、各地环保系统及有关部门推荐。
　　3、各大学环保组织、环保非政府组织推荐。
　　3、在网上直接填写推荐表。
　　4、通过在全国张贴海报动员广大群众提名。
　　5、组织文化界知名人士通过电视台、电台介绍本届评选活动，动员广大群众提名。
　　三、提名人公示及初评阶段
　　（一）时间：10月20日——11月25日
　　（二）目的：评出2006绿色中国年度人物候选人
　　（三）步骤：
　　1、组委会办公室按评选标准甄别有效提名人。
　　2、将所有符合评选条件的有效提名人公示（可分批次公示，但公示批次不影响候选名次）。
　　3、初评
　　（1）委托11家专业调查机构采用国际流行的调查统计方法—“德尔菲专家法”，对符合评选条件的有效提名人进行评选，具体做法：共选择44位专家，对有效提名人进行背靠背的投票，根据选票情况统计。专业调查公司调查占权重40%。
　　（2）活动组委会组织评委会中的五位初评评委，对有效提名人进行投票，根据选票情况统计。评委投票占权重40%。
　　（3）委托专业调查机构采用随机抽样方法对提名期间网民在网上的提名帖进行抽样，样本量为1000个，然后对抽样样本进行票数统计，根据统计结果按降序排序，根据网贴提名情况统计。网民投票占权重20%。
　　（4）社会调查、评委投票、网民投票三项权重相加，按降序排序，分值最高的前24人入围候选人。
　　（四）配合宣传：
　　1、网站公示：评选官方网站、新浪网、人民网、环保总局网站、TT65网（公示同时配发消息）。
　　2、支持媒体：平面媒体、电视、广播、网络进行专题报道。
　　四、紧急通道
　　根据对去年评选工作的总结,今年评选,组委会决定设立一个绿色通道-“紧急通道”,在上述“提名”、“公示”、“评选”等正常期限之外产生的有特殊价值的候选人，可以直接进入最后阶段。通过紧急通道直接进入最后评选阶段的候选人，必须经过组委会办公室初审，经过评委会三位以上评委联合确认提名后，直接进入评选结果产生阶段。
　　五、公众评委
　　从今年评选开始，组委会专门设立了十位公众评委，公众评委的产生可通过以下方式：
　　（一）公众评委的基本条件：
　　1、在政治上与党中央始终保持一致。
　　2、比较关注和热心于环境保护事业。
　　3、能够积极参与本项评选的各项活动。
　　（二）公众评委的职责：
　　在评选结果产生阶段，参与评选。
　　（三）公众评委的产生
　　组委会根据具体评选情况，直接邀请有关人士担当公众评委；
　　（五）公众评委的纪律
　　1、公众评委必须本着认真负责、秉公的原则参与本项评选活动。
　　2、公众评委不得利用自己身份影响其他公众评委的意见。
　　3、公众评委在本次评选全过程中不得利用任何媒介宣传具个人倾向性观点，从而影响评选正常进行。
　　六、评选结果产生阶段
　　（一）时间：11月25日——12月8日
　　（二）目的：“2006绿色中国年度人物”正式产生。
　　（三）步骤：
　　1、委托专业调查机构进行公众社会调查。社会调查占权重30%。
　　2、活动组委会组织评委对候选人进行投票，根据选票情况统计。评委投票占权重30%。
　　3、在新浪网、评选官方网站、人民网、国家环保总局网站开展网民对候选人进行投票，投票截止12月6日，根据选票情况统计。网民投票占权重20%。
　　4、组织公众评委对候选人进行投票，根据选票情况统计。公众评委投票权重20%。
　　5、社会调查、评委投票、网民投票、公众评委投票四项权重相加，按降序排序，分值最高的前7人为正式产生的今年年度人物。
　　12月9日，组委会将在北京举行盛大的“2006绿色中国年度人物”颁奖典礼。